A modesta Capela do Senhor dos Milagres não traduz pela sua arquitectura a importância histórica que realmente tem - foi exactamente nesse local que foi rezada a primeira missa na ilha da Madeira, imediatamente no dia seguinte à sua descoberta. Nesse momento decidiu-se construir nesse local uma capela para celebrar a ocasião, e é nesse sentido que surge esta capela, uma das construções mais antigas da Madeira.
Porém, ela viria a ser fortemente afectada por um aluvião 1803, tendo ficado em ruína nas décadas seguintes. Viria a ser totalmente reconstruída no final desse século, mantendo o arco ogival original.

Reza a lenda que aquando do aluvião de 1803, o crucifixo do altar teria sido levado pelas águas mar adentro. Contudo, viria a ser encontrado por uma galera americana, o que valeu o nome de Senhor dos Milagres à capela.