O actual Forte de São João Baptista em Porto Moniz é uma reedificação da antiga construção do século XVIII, que estava em ruínas no início do século XX. Reconstruido a partir de antigas memórias descritivas e de iconografias, não só foram reaproveitadas as ruínas restantes, como foram mesmo aproveitadas as antigas pedras existentes no local, de forma a devolver a forma original ao forte, respeitando assim o seu legado.

O interior foi adaptado para acolher o Aquário da Madeira, que inclui mais de 70 espécies da região, ao longo de 12 tanques temáticos.