A igreja de São Clemente foi construída na segunda metade do século XII a mando do arcebispo de Braga, que na altura era o D. João Viegas. Anos após a sua construção em 1298, a igreja passou a fazer parte da Ordem Militar de São Tiago.
Com o passar dos anos foi sofrendo danos muitas vezes devido a catástrofes naturais. Em 1755 um terramoto a igreja danificando principalmente as abobadas da capela-mor. Mais tarde, em 1856 um novo abalo atingiu a igreja danificando desta vez a fachada. Um sismo em 1969 levou a DGEMN (Direção Geral de Edifícios e Monumentos Nacionais) a intervir e valorizar vários objetos medievais.
Após uma serie de renovações, a igreja de São Clemente passou a ser classificada como um monumento nacional a partir de 20 de Junho de 1924.

Características
Esta igreja é composta por três naves e com arcos quebrados. Possui algumas capelas laterais acrescentadas no século XVI onde a principal é a capela das almas. No seu interior é talhada por azulejos importados de Lisboa que dá um ar tipicamente português. Também se podem encontrar aqui influências da presença árabe na região, mais propriamente na torre que é o que resta da mesquita de Loulé.