O Museu de Arte Sacra do Funchal está intimamente ligado à Diocese local, que já foi, no passado, a maior diocese católica do mundo (pois todas as terras no novo mundo estavam sob a sua dependência). Contudo, é na ilha da Madeira que este museu foca o seu espólio, concentrando num único local pintura, escultura e demais arte religiosa que estava espalhada um pouco pelas igrejas aí presentes, a que se juntaram também várias doações de particulares. O resultado é uma colecção extremamente rica de arte flamenga e portuguesa.
Uma das suas obras mais destacadas é a Cruz Processional oferecida por D. Manuel I, no século XVI, ricamente decorada, e que constitui uma das obras maiores da ourivesaria manuelina.
O museu encontra-se localizado no antigo Paço Episcopal, edifício que, apesar de remontar ao final do século XVI, foi bastante alterado ao longo dos tempos.